土地增值税计算中，应纳税额的确定方法包括：

应纳税额=增值额×适用税率（A正确），速算扣除系数用于四级税率（C正确）。B选项属于房地产转让收入与扣除项目金额比例的限制，D选项错误，土地增值税扣除项目不含转让环节的增值税。